Svårt val som sagt! Båda öarna är riktigt fina, men jag skulle nog hålla Skopelos som snäppet vackrare och något mindre turistig. Skopelos är också lite enklare att upptäcka. Det mesta på Karpathos innebär en rätt lång och slingrande bilresa.
Här finns riktigt fina bilder från Skopelos:
http://www.skopelosgrekland.se/bilder.html
Och här från Karpathos:
http://www.karpathosgrekland.se/bilder.html
Om man främst vill ha nära stranden skulle jag satsa på att bo i Lefkos på Karpathos och vid Panormos på Skopelos. Lefkos ligger dock rätt långt från Pigadia medan Panormos ligger hyfsat nära (med taxi/bil/buss) Skopelos stad.