Jag gjorde en båtluff sträckan Santorini - Amorgos (båtbyte på Naxos) - Folegandros (båtbyte på Naxos) och så hem från Santorini mellan den 10/6 och 25/6 förra året. Det är en fin tid att besöka öarna och lagom med turister.
Vattnet är absolut badbart i juni. Det är bara skönt att det inte är fisljummet när det är så varmt på land.
Rekommenderar att bo i Folegandros chora. Varför, kommer du att förstå när du kommer dit

Som att kliva rakt in i en Bröderna Lejonhjärteby.
Jag bodde på Hotell Castro i ett av de rum som vetter ut mot "gatan" men använde hotellets gemensamma uteplats som låg på taket till mitt rum. (Du kan se utsikten om du går in på min profil och kollar i fotoalbumet från Folegandros.)
Som familj tror jag dock man ska satsa på att hyra lägenheten som tillhör hotellet.
Det finns mängder med liknande hotell i Chora. Utsikter och vyer över stupet som är helt fenomenala. Fata Morgana är ett (fast rätt dyrt fick jag känslan av) och Seview är ett annat. Det finns även mindre pensionat utan havsutsikt.
Du kan hitta mycket info här i forumet om boenden på Folegandros.
Du kan även se vad andra medlemmar tycker om ön om du läser resebreven.