Då du nu fått så många goda råd angående resrutter, båtar etc (håller absolut med om att du bör välja Amorgos och någon av småkykladerna istället för Sifnos) så kan jag svara på din fråga om tips på Amorgos.
Och vad du gör, välj inte bort Amorgos ur rutten.
Panagia Hosoviotissa (säg det tio gånger i rad och fort om du kan)

Klostret alltså, en otrolig upplevelse. Så enormt speciellt. Och utsikten så fenomenalt vacker. Själv började jag storgrina när jag var där (läs, fällde YTTERST klädsamt en stilla tår eller två) så speciellt är det.
Vet inte hur vandringsbenägna ni är men, som du säkert redan klurat ut, mängder med fina vandringsleder och inte alla stupar rätt ned i havet så man nästan svimmar av höjdskräcken. Flera sådana finns också beskrivna i e-guiden.
Agia Anna, Langada, Tholaria och Potamos intill Egiali är absolut ett måste att besöka. Gillar ni sandstränder så rekommenderar jag att ni beger er till Levrossos som ligger på promenadavstånd (en kortis) från hamnen i Egiali. Och värt att se intill Katapola: Chora, Minoa m.m. Ta badbåten till Plakes eller Maltezi m.m.
Kolla också efter en båttur runt ön. Det ska finnas, men kanske bara under högsäsong för den var inte ute och tuffade runt när jag var där i juni förra året.
Men allt det där kan du läsa mer om i Kalimeras ypperligt excellenta, magnifikt vackra och informativa e-guide om Amorgos.
Utöver det gör jag som jag brukar, och rekommenderar att läsa resebreven där Amorgos är involverade på ett eller annat sätt. Man får många bra tips.
Det viktigaste rådet av alla: Glöm inte att känna in andan på ön. Den är så speciell. Och det är så intressant att prata med öborna. Ni kommer att få det fantastiskt!